Christof Brunner wurde in Zürich geboren. Nach der Schulzeit studierte er an der Musikakademie der Stadt Basel Violine bei Brenton Langbein und Adelina Oprean sowie Dirigieren bei Jost Meier. Es folgte die Dirigierausbildung an der Zürcher Hochschule der Künste bei Johannes Schlaefli. In dieser Zeit dirigierte Christof Brunner das Westböhmische Symphonieorchester Marienbad, die Janacek Philharmonie Ostrava und das Kammerorchester Berg in Prag. 2003 schloss er sein Studium erfolgreich ab. Weitere Meisterkurse führten ihn zu Kirk Trevor, Tsung Yeh und Larry Rachleff.

Als Musikalischer Leiter steht Christof Brunner dem Sinfonieorchester Tifico sowie dem Orchester Accento Musicale Zürich vor. Während neun Jahren war er Dirigent der Winterthurer Symphoniker. Gastdirigate führten ihn zum Orchestra Giovane dem Sinfonieorchester Nota Bene der Zuger Sinfonietta sowie dem Zürcher Kammerorchester.

Seit 1997 leitet er die Chorgemeinschaft Sihlau, mit welcher er eine rege Konzerttätigkeit pflegt. Zur Aufführung gelangten unter anderem Mozarts Requiem, Puccinis Messa di Gloria und die Carmina Burana von Carl Orff. Zum Verdi-Jahr 2001 fanden Konzerte mit Verdis Requiem statt. Zwei Jahre später realisierte Christof Brunner die Schweizer Erstaufführung der Misa Tango des argentinischen Komponisten Luis Bacalov.

Daneben dirigierte Christof Brunner verschiedene Opernproduktionen unter anderem mit Opernhausen und der Jungen Oper Zürich. Zusammen mit der Zuger Sinfonietta und ehemaligen Dimitrischülern entstand 2004 das Kinderprojekt Babar. Im Sommer 2006 trat Christof Brunner erstmals am Davos Festival young artists in concert auf. Für das Lucerne Festival schrieb er die Musik zum Kindermusical Ahoi, das in Zusammenarbeit mit dem Schauspieler Hanspeter Müller-Drossaart aufgeführt wurde.

Christof Brunner leitet regelmässig Konzerte mit der Schweizer Rockband Gotthard und dem Zürcher Kammerorchester. Eine gemeinsame Tour mit Gotthard und grossem Sinfonieorchester ist geplant. Seit mehreren Jahren schreibt Christof Brunner auch die Streicherarrangements für Liveauftritte der Rockband.

Im Frühling 2012 dirigierte Christof Brunner im Rahmen des europäischen Orchesterfestivals Konzerte in Tallinn und der Philharmonie St. Petersburg.

Seit 2007 hat Christof Brunner einen Lehrauftrag als Dozent für Orchesterleitung an der Zürcher Hochschule der Künste.